II Museo di Lipari è attualmente suddiviso in cinque sezioni che illustrano la millenaria storia dell'arcipelago. Alcune di esse si trovano all'interno di edifici di antica costruzione, come il seicentesco palazzo vescovile, adiacente alla Cattedrale di S. Bartolomeo, che ospita il Padiglione di Archeologia Preistorica, e le vicine case Acunto, sede della Sezione di Preistoria delle isole minori, del Padiglione di Vulcanologia, della biblioteca e dei laboratori. La Sezione di Archeologia Classica, a Nord della Cattedrale, si trova invece all'interno di uno dei palazzi di età fascista costruiti intorno al 1920; allo stesso periodo appartiene il piccolo edificio destinato alla Sezione Epigrafica, all'interno del parco, alle spalle della Sezione Preistorica.
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